Hackathon inter-CATIs Sète 2021: Atelier Reproductibilité

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Planning pour les 3 demies-journées du hackathon

  • J1.Containers [Tous ensemble]
  • J2.NextFlow
  • J2.SnakeMake
  • J3 Hands-On

Détails des 3 demies-journées du hackathon

J.1.Containers

Conda

  • intérêt :
  • fixer les environnements
  • fixer les versions
  • traçabilité avec fichier de conf yml.
  • problèmes:
  • channels
  • résolutions de dépendances
  • conflits d'environnements

Singularity

  • intérêt :
  • portabilité
  • droits utilisateurs (vs. docker)

  • problèmes:

  • choix de la base
  • versions singularity

Live Tuto Construire une image singularity à partir de configurations Conda

J.2.NextFlow

Présentation

  • intérêt:
  • réutilisabilité
  • optimisation de l'utilisation des ressources de calcul
  • communauté (nf-core)
  • focus:
  • syntaxe
  • DSL2
  • Efficacité/Réutilisabilité/Lisibilité
  • configurations

Live tuto Mini pipeline FastQC, mapping, comptage

J.2.SnakeMake

Snakemake: discussion autour des bonnes pratiques (1h)

  • Structuration du workflow
  • Configurations (paramétrages, ressources de calcul (profile))
  • Modularité (rules et workflows)
  • Reporting
  • Lisibilité/Traçabilité/Documentation
  • Tests
  • Portabilité et conteneurisation
  • Optimisation (batch)
  • Réutilisation et inspiration : catalogues de workflows

Pas de live tuto

Organisation des groupes de travail :

  • identification des thématiques et délivrables (cf séance visio parallèle snakemake du 30/09)
  • constitution des groupes en fonction du niveau des participants

Démarrage des travaux

J.3.Hands On

Introduction / Synthèse:

  • combinaison des 3 technos pour combiner traçabilité, portabilité et calcul

Travail en atelier:

  • des groupes qui travaillent sur leur sujet

Prérequis pour l’atelier :

  • mode --fakeroot sur genotoul vs. VM dédiée avec comptes nominatifs droits sudo
  • [modulo le réseau] VM ou Laptop Linux avec
    • singularity
    • miniconda
    • JAVA
    • droits SUDO
    • build SIF sur Forge ?
  • On prévoit des images de base singularity déjà sur ces clusters au cas ou (salmon, R, …)

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